ストーリー
アンガス・マクガイバー(愛称マック)は表向きはシンクタンクを装う秘密組織フェニックス財団で働くエージェント。長年、音信不通だった父親ジェームズが密かにフェニックス財団に勤務していたことを知ったマクガイバーは、「信用ならない人間とは一緒に仕事できない」としてフェニックス財団を辞職。ナイジェリアの小さな村で村人たちの暮らしを助けながら日々を過ごしていたが、そこへジェームズがやって来てジャックがトラブルに巻き込まれていると告げる。
ジャックはベラルーシの内紛に巻き込まれて囚われの身になっていた。マクガイバーは、ボーザー、ライリーと新しくチームの仲間になったリアーナ、そしてジェームズの助けを借りながらジャックの救出に動くが、そんなマクガイバーを見たマティは、マクガイバーがフェニックス財団には必要不可欠な人材であることを痛感。マクガイバーをフェニックス財団に復帰させるための行動を起こす。
その頃、マードックの行方を突き止めようとしていたフェニックス財団のジルは車を運転中、後部座席にマードックが乗っていることに気付き……。