ストーリー
あれから1年半後。アンガス・マクガイバー(愛称マック)は、フェニックス財団を離れ大学で教授として働いている。ある日、マックを訪ね男がやってくる。元秘密情報部(MI6)のメンバーで現在は軍事会社を運営しているラス・テイラーという男で、マックは悪い噂で彼のことを知っていた。ラスからフェニックス財団は元FBIに侵入されたことで閉鎖に追い込まれ、マックと一緒に闘ってきたチームメンバーも悲惨な生活を強いられていることを聞く。そして、今抱えている問題を解決するためマックをスカウトしにやってきたのだった。一度はラスの誘いを断るも、多くの人の命が危険にさらされていると聞いたマックは話だけ聞くことにする。ラスが言うには、危険な生物兵器が闇市場で売りに出され、それが買い手に渡ってしまい大規模なテロが起きかねないと言う。再度協力を求められたマックは、チームメンバーを再集結させるためライリー、ボーザー、デジィのところへ向かう。何とかして皆を説得し、問題解決に動き出すことに。
マックとデジィ、ラスは生物兵器の買い手を突き止めるために武器のオークションに潜入し、顧客台帳を盗みに行くことに。ライリーとボーザーもそれぞれの力を発揮し台帳の情報を解読できたのだが、生物兵器の特許所有者がラスが勤めている会社だとわかりメンバーは驚愕。果たして限られた時間内で無事に兵器の使用を止めることはできるのか?! 再度集結したチームはどうなってしまうのか……。