ストーリー
海軍の武器密売に関するATFとNCISの共同捜査は、海軍のコンテナを利用した大量の密輸事件に発展。ソーニャが潜入していた密売人ベイトフィッシュに恋人サヴァンナを殺されたクリスは、ベイトフィッシュを追い詰めるも、犯人は「大きな嵐が来る」と話したところで何者かに射殺されてしまう。やがて港にある海軍のコンテナを調べると、エクアドルからの密入国者の中にテロリストがいたことが判明。欧米のエネルギー産業に復讐するため、大規模な爆破攻撃が計画されていたのだ。迫撃砲を見つけたプライドはテロリスト・エクポの手下に撃たれるも、起爆装置を解除、そこへ現れたエクポに殺されかけるが、駆けつけたクリスにより九死に一生を得る。NCISチームと無事に事件を解決したATF捜査官のソーニャは、プライドの下で働きたいと、ニューオーリンズに残る事を決意するのだった。
ある日、装甲輸送演習中の車両が渡る橋が何者かによって爆破されて川に落下し、搭載されていたミサイルが盗まれる事件が起きる。橋の付近で犯人が残したお菓子の包み紙が見つかり、それ付いていた指紋から、元海軍下士官のイエーデンという容疑者が浮かぶ。イエーデンを追いつめることに成功したプライドらだったが、イエーデンはリンカーン大統領の暗殺犯が言ったといわれる「専制者はかくのごとし」という言葉を言い残して拳銃自殺する。イエーデンは、ブードローという分離主義団体が率いる武装組織に密かに属していたことが判明。プライドは、ミサイルの在り処を突き止めるためにその組織に潜入するが、そこで思わぬものを発見する……。
一方ブロディは、高校時代のあだ名「ジャッカル」宛に送られてきた写真を見て戸惑う。その写真は死亡した姉妹エミリーの写っていたものにブロディを入れ替えた捏造写真だったのだ……。