ストーリー
NCIS ロサンゼルス支局、スペシャル・プロジェクトオフィス(Office of Special Projects)、略称OSPは、潜入捜査やハイテク技術を専門とする、NCIS 海軍犯罪捜査局 (Naval Criminal Investigative Service)のエリート極秘捜査チーム。潜入捜査のプロ、G・カレン、その相棒で米海軍特殊部隊(SEALs)出身のサム・ハンナ、タフで頭の切れる美人捜査官ケンジー・ブライ、ITオペレーターのエリック・ビールらが一丸となって、次々と起こる数々の難事件を抜群のチームワークで解決していく。
潜水艦の機関員であるヒル少佐の死体が発見される。検視によると彼はコカインの過剰摂取で死亡し、何者かによって殺されたことが判明。走り去る車のエンジン音から、“支配者の同胞団”の会員で仮釈放中のマイケル・ウィルソンが捜査線上に浮かび上がる。ウィルソンの家へ向かったチームだったが、そこで手りゅう弾による攻防があり、家は爆発する。室内から複数の遺体が見つかり、そのうちの1人はジェニファー・アンダーソンという女性だった。彼女の夫は造船会社を所有しており、麻薬密売人に妻を人質に取られ、潜水艦を造ったと話す。ウィルソン宅から見つかった車のGPSに船舶修繕用のレンタルドックの履歴が残っていたため、サムとカレンが現場に向かう。そこで見つけた潜水艦の中に2人が入ると、鉢合わせた犯人グループと銃撃戦になってしまう。しかし、助けに来たケンジーたちが駆けつけた時には、既に出航した後だった。
サムとカレンを乗せたまま出航してしまったテロリストの潜水艦。外部とは連絡が取れず、さらにテロリストたちは自爆テロを企てていることがわかる。脱出と自爆テロ阻止を実行しようとする2人だったが、部屋に閉じ込められ、空気と電気を断たれてしまう。ケンジーとディークスはDEA(麻薬取締局)捜査官タリアと共に、潜水艦で運ばれてきたコカインの行方を追うことに。一方で、アフガニスタンでのホワイトゴースト事件の責任を取るためワシントンに向かっていたヘティだったが、チームの危機を知り、引き返すことになる。果たしてサムとカレンは自爆テロを食い止め、無事に脱出できるのか?! さらに、ヘティやチームメンバーにも危機が訪れる。この局面を打開することはできるのか!?